Avrupa Çalışmaları Merkezi, kuruluşundan bu yana, çeşitli araştırma faaliyetleri ve yayınlar aracılığıyla alana katkı sunmayı hedeflemektedir. CES, bu hedef doğrultusunda, kurulduğu günden beri, çoğunlukla Avrupa Komisyonu tarafından finanse edilen çok sayıda ulusal ya da Avrupa ölçekli araştırma ve uygulama projesini koordine etmiş ya da bu projelerde ortak kuruluş olarak yer almıştır. Aşağıda söz konusu projelerin bir listesi sunulmaktadır. Projeler, bu listedekilerle sınırlı değildir. Daha güncel projeler için, lütfen Tamamlanan Projeler ve Devam Eden Projeler başlıklarını ziyaret ediniz.

• Kimlik Kartında Bir Madde Olarak Avrupa: Avrupalı Kimliğinin Avrupa Akademisi ve Kamuoyu Tarafından Kavramsallaştırılması, Avrupa Komisyonu Jean Monnet Programı, Süre: 2004-2005.
• AB Genişleme Süreci ve Avrupalılaşma: Genç Araştırmacıların Bakış Açılarından Karşılaştırmalı Perspektifler, Avrupa Komisyonu, Hayat Boyu Öğrenme Programı, Süre: 2006-2007.
• Yarının Genç Türk Liderlerini Yetiştirmek: Türkiye Katılım Sürecinde Sosyal ve Bölgesel Politika, Avrupa Komisyonu Sivil Toplum Diyaloğu: Avrupa-Bilgi Köprüleri Programı, Süre: 2006-2007.
• Jean Monnet Mükemmeliyet Merkezi (CES-METU JMCE), Hayat Boyu Öğrenme Programı, Süre: 2007-2010.
• Türkiye'nin AB'ye Katılımı Hakkında Daha Bilinçli Bir Diyalog İçin Yerel Ağların Seferber Edilmesi (ACCESS-TR), IPA Bilgi ve İletişim Programı: AB'nin Genişlemesi Hakkında Daha Bilinçli Bir Kamuoyu Tartışmasını Teşvik Eden Eylemler İçin Destek, Süre: 2008-2009.
• Akademik Ağların Güçlendirilmesi ve Entegrasyonu (SInAN), Avrupa Birliği ve Türkiye Arasında Sivil Toplum Diyaloğunun Teşvik Edilmesi: Üniversiteler Hibe Programı, Süre: 2008-2009.
• Avrupa'nın Deniz Havzalarında AB ve Alt-Bölgesel Çok Taraflılık: Komşuluk, Genişleme ve Çok Taraflı İşbirliği (EU-4-SEAS), Avrupa Komisyonu FP 7 SSH Ortak Araştırma Projesi, Süre: 2009-2011.
• Lizbon-Sonrası Avrupa İdare Biçimi (EUPOLIS), Hayat Boyu Öğrenme Programı, Jean Monnet Çok Taraflı Araştırma Grubu, Süre: 2009-2011.
• Daha Geniş Avrupa, Daha Derin Bütünleşme? AB Anayasallaştırma ve Genişleme Ağı (EU-CONSENT), Avrupa Komisyonu 6. Çerçeve Program, Süre: 2005-2008.
• CES'in (CES-CER) Karşılaştırmalı Araştırma Kapasitesinin Geliştirilmesi, Avrupa Komisyonu SSA, Süre: 2005-2008.
• Avrupa Ağının Genişletilmesi ile Disiplinlerarası Entegrasyon Çalışmalarının İlişkilendirilmesi (LISBOAN), Hayat Boyu Öğrenme Programı, Erasmus Akademik Ağları, Süre: Ekim 2010- Eylül 2013.